赤峰学院联合曲阜师范大学在Nature子刊Scientific Data上发表首个花鼠属物种的染色体水平基因组
花鼠（ Tamias sibiricus，别名金花鼠、五道眉、花栗鼠）是一种小型的松鼠科鼠类，为小型半树栖半地栖（即树-地间栖）动物，主要栖息于山区与平原的针叶林、针阔混交林以及阔叶林和多灌丛地区。花鼠是唯一一种在古北界分布的花鼠属物种，国外主要分布于俄罗斯西伯利亚、蒙古、朝鲜和日本，国内则主要分布于长江以北的广大地区。花鼠作为重要的分散贮藏鼠类，在植物种子扩散、幼苗建成、种群扩张以及森林更新中具有举足轻重的作用。截止目前，针对花鼠的研究主要围绕生物学特性、行为、生态和系统地理学等；而该物种的基因组信息仍未报道，制约了花鼠环境适应的遗传和进化机制的研究。
2022年12月24日，赤峰学院和曲阜师范大学联合在国际期刊 Scientific Data （IF=8.501，JCR一区）上在线发表了花鼠染色体水平基因组的相关论文，首次破译了花鼠的染色体水平的基因组，成功组装了全球第一个花鼠属物种的染色体水平基因组。
研究团队综合利用Illumina测序、PacBio测序和Hi-C染色体交互捕获等多种技术，首次组装了一只捕自内蒙古赤峰市旺业甸林场的雌性花鼠的染色体水平基因组，基因组大小约2.64 Gb，Scaffold N50长度为172.61 Mb，其中98.03%的序列被锚定在19条染色体上（图1）。基于转录组证据、同源搜索等对基因组进行分析，预测得到25,311个蛋白编码基因，其中94.73%的基因得到功能注释。这些结果表明花鼠基因组具有较高的完整性和准确性，综合组装质量达到高水平。
基因组结构注释分析判定重复序列共1.03 Gb，占花鼠全基因组的38.87%（图2）。染色体共线性分析发现，花鼠与其他两个具有染色体水平基因组的物种北松鼠和北美灰松鼠具有很强的同源性，同时，也发现了松鼠基因组进化过程中具有染色体重排的现象（图3）。除此之外，研究组选择花鼠在内的20个代表性物种进行同源基因家族鉴定，共鉴定出20个物种共有的20,952个基因家族以及花鼠特有的148个基因家族，这为确定花鼠的系统发育地位和进化历史提供了有效的分子数据。
图1 花鼠染色体Hi-C组装可视化热图
图2 花鼠的基因组特征
图3 花鼠与北松鼠和北美灰松鼠的基因组共线性
科研服务（合作招商）
| 植物、农残、昆虫等近1000种指标检测试剂盒 | 专利申请 | 转基因植株快速检测 | 组织培养 | 酵母双杂交 | 植物抗体 |
植物科学最前沿，专注于植物科学前沿进展、资讯、招聘信息的发布及方法软件共享等。投稿及招聘请后台回复“投稿”，均为无偿；商务合作请联系微信ID：zwkxqy；
责任编辑：
相关知识
赤峰学院联合曲阜师范大学在Nature子刊Scientific Data上发表首个花鼠属物种的染色体水平基因组
项目文章 | 易现峰教授团队成功组装全球首例花鼠属物种的染色体水平基因组
流感肆虐，高分Cell子刊揭示肠菌如何影响呼吸道感染 | 热心肠日报
Nature子刊：生于忧患、死于安乐，刺激的环境让大脑保持年轻
万种鸟类基因组计划第二阶段研究结果发表
万种鸟类基因组计划第二阶段研究结果发表，为深入了解基因组多样性演化奥秘提供契机
鸟类基因组“大爆炸”——48种鸟类基因组全解析
基因组图谱全面揭秘鸟类演化“大爆炸”历程
363种鸟类基因组研究数据，揭示基因组多样性演化奥秘
【科技日报】基因组图谱全面揭秘鸟类演化“大爆炸”历程
网址: 赤峰学院联合曲阜师范大学在Nature子刊Scientific Data上发表首个花鼠属物种的染色体水平基因组 https://m.mcbbbk.com/newsview508032.html
| 上一篇: 五道眉花鼠如何分公母？拜托了各位 |
下一篇: ff14食果花鼠宠物获取方法 |
