1. 肉眼检查法
用眼睛直接从鱼患病处找出病原体或初步诊断出患病原。
主要观察：颜色、各部位有无充血、发炎、溃烂、粗糙、畸形、变色、粘液量和大型寄生虫如锚头蚤等。
或根据病鱼的症状来判断如病毒细菌引起的鱼病。
检查的步骤：
①检查体表（头部、眼睛、口腔、鳍、鳞片）
②检查鳃部
③检查内脏器官（肝、肠、鰾、性腺等）
④有疑点的部位取少量组织或粘液压片用显微镜检查。
2.显微镜检查法
用显微镜观察的情况有：
①肉眼看不清的小型寄生虫用显微镜放大检查，
②几种疾病并发，需要显微镜检查判断究竟哪一种为主。
检查部位：鱼类发病的主要部位是体表和鳃部，应重点检查。
检查方法：一个鱼池至少要有3—5尾，最好是快死亡的或刚死不久的鱼。
制片：①用镊子刮取病鱼的皮肤、鳍、鳃部等外部器官的粘液，
②盖上玻片，稍稍压平。
显微镜观察：
③先用低倍镜检查到目标，找到目标后再逐步调用高倍镜，以便更清晰的观察。
并记下观察到的寄生虫的种类及数量。
每一检查的部位均需制2—3个片。
少量寄生虫对鱼的健康并不会带来很大影响，只有当寄生虫达到一定数量时鱼才会生病、死亡。如车轮虫、斜管虫等小型寄生虫在中倍镜下检查，平均每一个视野有数十个以上，才会引起鱼病。
3.水质分析
在上述两种方法检查不出病因的情况下，应考虑水中是否存在有毒物质，需要对水进行化验。
分析的指标：水温、溶解氧、氨氮硫化氢、酸碱度及亚硝酸盐等。水源及周围有无农田施肥等情况、养殖水域的面积、水深、底质情况、拉网、有无敌害生物及有无水产动物寄生虫的中间寄主、周围有无水产动物寄生虫的终末寄主等。
4.现场检查
引起鱼病的原因很复杂，单纯检查鱼体不一定能找到真正的病因，还需结合“问诊”。
“问诊”包括三方面：
①养殖的品种、苗种来源、规格大小、健康状况和放养密度等。
②池塘消毒、日常防病所使用的药物和使用方法、投饵和施肥的种类、频率、饲料质量等。
③发病养殖池中鱼的活动情况如游动、摄食等。
④发病过程中采取过的措施（患病种类、发病时间、病症与病情死亡时间、采取的措施与效果等）。
通过以上方法确诊了病情后，选择合适的药物有针对性地治疗。有并发症的时候，应根据发病的具体情况，首先对其中比较严重的一种疾病使用药物，使该种病痊愈或好转后，再针对其余的疾病进行用药。因为在治疗不同疾病的药物中，不仅有他们的理化性质，同时也有对鱼体的不同安全性。
