工厂化循环水养殖系统是以工业化手段主动控制水环境，水资源消耗小、占地少、对环境污染小、产品优质安全、bing害少、密度高、养殖生产不受地域或气候的限制和影响，资源利用率高，是高投入高产出，低风险实现水产养殖业可持续发展的重要途径。机械过滤系统 机械过滤系统的主要功能就是通过不断的循环，将水中鱼类的粪便及多投的饲料等固体颗粒及胶体状物质过滤分离出去。以避免它们留在养殖水体中继续分解成对水生生物有毒的氨氮等物质。 机械过滤系统设备分很多种，常见的有微滤机、蛋白质分离器、过滤沙缸、精密过滤器等。微滤机经过水产设备的精心设计，早已实现全自动化。
在目前的发展水平下，循环水养殖模式较高的准入门槛使得循环水养殖与普通低附加值鱼类无缘，而名贵海水鱼类可养殖品种有限，限制了循环水养殖模式的发展。近些年来，经过专家学者和众多的养殖企业的不断探索，国内循环水养殖品种的丰富度大大提高，如：斑石鲷、墨瑞鳕鱼、黄条鰤等。循环水养殖系统既是一个复杂的系统工程，又是一个矛盾的综合体，因此，不可能存在一种十全十美、适用于所有养殖品种的循环水养殖系统，只要不出现明显的设计漏洞，系统运行过程中遇到的很多问题，可以通过系统管理技术和养殖技术来解决。
生化模式净水主要是靠硝化细菌，硝化细菌从无到有这个过程俗称挂膜。硝化细菌挂膜需要滤材（细菌屋）；硝化细菌属于好氧细菌，因此需要氧气；硝化细菌繁殖还需要养分，也就是鱼粪。再满足上诉三个情况下，保持25度水温，硝化细菌从无到有需要将近35天，15度水温情况下需要50天或者更久，这个过程叫冷启动。想快速启动，可以使用液体硝化细菌，或者添加一些其他已经挂膜的滤材进来进行引菌，这个过程叫热启动。海水系统应为高盐度的问题，自然挂膜时间比淡水系统要长一倍以上，时间也随盐度升高而延长。
