1 抑制致病菌的生长，维持胃肠道屏障功能
动物胃肠道大约有1014个菌株，种类大约500多种。其中大部分为有益菌，也有部分致病菌。它们是一个整体，互利共生，共同维持了消化道内环境的平衡。生产中大量的抗生素用于治疗疾病，提高效益。然而，抗生素的长期使用、滥用，会导致胃肠道菌群失调，造成畜体机能紊乱、生长发育受到抑制、细菌耐药性增加，严重时产生“超级细菌”。益生菌在进入动物胃肠道后会直接或间接的影响致病菌的生长，补充有益菌成为优势菌群，竞争消化道内的致病菌的营养物质；与此同时，有益菌在繁殖的过程中消耗氧气，形成厌氧环境，使致病菌的生存环境破坏。一些抗致病菌活性的物质会在益生菌代谢的过程中产生，如有机酸（乳酸、乙酸等）、丁二酮、二氧化碳、过氧化氢等，来抑制致病类型的有害菌和外源病原菌。乳酸菌能够调节机体胃肠道正常菌群，提高食物消化率和生物价，抑制肠道内腐败菌生长繁殖和腐败产物的产生。在益生菌与石灰处理秸秆饲喂绵羊的试验中，发现益生菌对瘤胃pH无不良影响，处于正常范围之内。枯草芽孢杆菌生长过程中产生多种物质（枯草菌素、制霉菌素、多粘菌素、短杆菌肽等）可以抑制病原微生物。益生菌发酵产品在控制致病菌引起的腹泻方面有很大的潜力，从发酵产品中提取出的乳酸菌，在作为抗菌药物或抗菌疗法很受欢迎。
2 改善适口性，提高饲料的营养价值
益生菌在生长繁殖过程中可产生各种消化酶，能降解饲料中难以被动物利用的物质，提高饲料的可消化性。同时，发酵后的产品呈酸甜味，含有乙醇及多种酯类香气物质，畜禽喜食，适口性极好，如芽孢杆菌具有很强的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶活性，可以提高三大有机物质的消化率，降解饲料中的抗营养因子。酵母菌体富中含有非常丰富的蛋白质、B族维生素、脂肪、糖、酶等多种营养成分。试验证明，饲料中加入酵母和枯草芽孢杆菌可提高动物饲料营养价值。王金斌等以豆粕为发酵原料，枯草芽孢杆菌及热带假丝酵母为发酵菌种，最终产物粗蛋白含量提高了17.52％。用酵母菌发酵玉米秸秆显著增加了其粗蛋白质和粗脂肪含量。饲料经过益生菌发酵后，淀粉、粗蛋白、粗纤维等大分子物质和植酸、单宁、抗胰蛋白酶、游离棉酚等抗营养成分得到一定程度的降解和转化。当动物采食这种发酵饲料后，补充了自身产酶的不足，达到提高饲料转化效率的目的。
3 增强免疫系统，提高免疫力
益生菌发酵饲料进入动物消化道内时，益生菌是作为一种非特异性免疫调节因子，使肠粘膜内的相关淋巴组织活化，刺激肠道免疫器官的生长发育，动物抗体水平和巨噬细胞活性被提高，并且诱导T、B淋巴细胞和巨噬细胞产生细胞因子，通过淋巴细胞再循环使全身免疫系统活化。用无抗发酵饲料代替日粮饲喂断奶仔猪的，20％ 无抗发酵饲料组能显著提高总蛋白（serum total protein,STP）、免疫球蛋白G（IgG）的含量，益生菌通过口服、灌胃等方式，均能提高动物的巨噬细胞能量水平，促进肠道分泌免疫球蛋白，进而增强机体免疫功能。当机体受到病原菌刺激时，定植在动物肠道上的有益菌通过刺激肠道细胞使机体产生免疫应答。所以在生产上应用益生菌发酵饲料可以增强动物的免疫功能，提高抵抗疾病的能力。
