真穗猪笼草与翼状猪笼草之间存在着多方面的不同。当马修・杰布和马丁・奇克将其恢复为独立的物种时,他们指出了它们之间的区别。
由于翼状猪笼草的变异性极高,所以部分个体不可避免的会偏离马修・杰布和马丁・奇克的描述。但总体上的形态差异似乎是稳定的,这也是将其鉴定为物种的根据所在。
真穗猪笼草表面上也相似于奇异猪笼草(N.mirabilis)。它们的区别在于其下位笼,真穗猪笼草的下位笼无笼翼,基部侧芽的叶片边缘为流苏状,叶片革质,而奇异猪笼草为纸质。
真穗猪笼草的上位笼(左),及翼状猪笼草的上位笼(右)查尔斯・克拉克注意到真穗猪笼草的上位笼具明显的球形基部,其可能类似于婆罗洲的圆盾猪笼草(N.clipeata)和新几内亚的克罗斯猪笼草(N.klossii)。但实际上很容易就能将这三个物种区分开来,因为它们几乎没有其他共同点,并在它们之间存在着地理隔离。
2001年,查尔斯・克拉克对来自苏门答腊岛和西马来西亚的猪笼草进行了分支系统学分析,共利用了70个形态特征。真穗猪笼草被归入“第5分支”。其显示真穗猪笼草与奇异猪笼草的相关性达72%,而真穗猪笼草与长叶猪笼草之间的相关性较弱,为69%。与其子类群莱佛士猪笼草和苏门答腊猪笼草的相关性为58%。
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