贝卡利猪笼草与长叶猪笼草和苏门答腊猪笼草之间存在着密切的近缘关系。其可能与长叶猪笼草同为一个物种。贝卡利猪笼草和长叶猪笼草的变异程度尚未清楚,使得难以界定它们之间的关系。对贝卡利猪笼草模式产地进行考察可能会对解决这个问题提供帮助。
虽然贝卡利猪笼草与苏门答腊猪笼草之间具有许多相同的形态特征,但仍可以很容易的将其区分开来。苏门答腊猪笼草的特点在于其漏斗形的上位笼(贝卡利猪笼草的上位笼为圆柱形),并且其唇的前部凸起。此外,苏门答腊猪笼草下位笼的笼盖为圆形,而贝卡利猪笼草的为卵形。
虽然存在于北苏门答腊省的实武牙和打鹿洞之间的未鉴定类群类似于长叶猪笼草,但并非长叶猪笼草的典型形态。其与长叶猪笼草的模式类型区别在于其叶柄不下延,且叶片边缘的毛被易脱落。它们的生活习性也不相同。未鉴定类群生长于植被茂密的开阔地,而长叶猪笼草生长于茂密的森林中。
贝卡利猪笼草的上位笼(左),长叶猪笼草的上位笼(中),苏门答腊猪笼草的上位笼(右)
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